ACTE I – Le Guet-apens
Raymond de la Cisterna, jeune chevalier espagnol, a entrepris un long voyage d’apprentissage à travers l’Europe, accompagné de son seul valet, Cristobal.
Alors qu’ils se dirigent vers l’Allemagne, leur chaise se brise dans la Forêt Noire. Ils trouvent refuge pour la nuit dans la chaumière d’un bûcheron que leur indique leur cocher. Bientôt arrivent la Baronne de Lindenberg, sa nièce (la jeune Agnès) et leurs domestiques, égarés et également dans l’impossibilité de poursuivre leur route. Emile, le bûcheron, s’empresse d’accueillir tout ce monde. Sa modeste chaumière semble extensible à l’infini. Grâce à la complicité de la femme d’Emile, Marguerite, qui l’invite à examiner les draps de sa chambre – lesquels sont maculés de sang – Raymond comprend qu’il est tombé dans l’antre de bandits de grands chemins.
Tandis que les fils du bûcheron, Jacques et Robert, massacrent les domestiques, Raymond – toujours grâce à Marguerite – parvient à tuer Emile.
Raymond et Cristobal s’enfuient en emportant avec eux la Baronne et Agnès qu’ils sauvent d’une mort certaine.

ACTE II – Le Château de Lindenberg
Invité au château de Lindenberg en remerciement de sa conduite héroïque, Raymond se lie d’amitié avec le Baron, personnage excentrique qui érige l’art de la chasse en recherche esthétique. La Baronne, quant à elle, ne peut plus se passer de son sauveur et Raymond passe ses soirées à lui faire la lecture de romans d’aventure plutôt assommants. Raymond emploie le temps libre qu’il lui reste en promenades avec Agnès dont il s’éprend. Ensemble ils assistent à la représentation, par des comédiens italiens, d’une légende locale : LA NONNE SANGLANTE, spectre qui hante le château une fois par an – en habits religieux, « portant la lampe et le poignard », et dont la seule vue foudroie d’épouvante. Raymond exprime son dédain pour la superstition en général.
Au cours d’une nouvelle séance de lecture avec la Baronne, Raymond apprend qu’Agnès – d’après un voeu que fit sa mère – est destinée au couvent depuis la naissance et prendra le voile prochainement. Tandis que Cristobal fait diversion auprès de Dame Cunégonde, la gouvernante d’Agnès, Raymond propose à la jeune fille de se laisser enlever afin d’échapper à son « destin barbare ». Agnès refuse mais invite Raymond à gagner l’affection de ses tuteurs pour qu’ils consentent à leur union.
Comprenant qu’il n’y a rien à attendre du Baron, Raymond redouble d’attention envers la Baronne. Malheureusement la Baronne se méprend sur cette assiduité et déclare son amour à Raymond qui ne peut que la détromper. Furieuse, la Baronne lui promet une terrible vengeance pour lui et son amante.
Dépité, Raymond va se jeter aux pieds d’Agnès pour pleurer. La Baronne les surprend. Raymond est chassé du château.

ACTE III – L’Enlèvement
Agnès réussit - via Cristobal - à donner rendez-vous à Raymond pour la nuit suivante. Plein d’espérance, il achète aux comédiens italiens, croisés en route, la totalité de leurs costumes ainsi que leur attelage.
La nuit suivante, il expose à Agnès son plan d’évasion : il s’agit pour elle de contrefaire la Nonne Sanglante le soir prévu par la légende – c’est à dire le lendemain – et de quitter ainsi le château sans être inquiétée. Agnès refuse avec effroi : elle désirait simplement qu’ils se revoient une dernière fois. Elle engage Raymond à se résigner, comme elle, à leur triste sort et lui expose que l’amour humain est éphémère. Par bravade, Raymond se propose d’absorber un « philtre d’amour » - vendu jadis par un charlatan - jurant que son amour restera éternel. Agnès lui confisque la fiole, mais trop tard : sous l’effet du breuvage, Raymond est pris de folie et la viole. Elle s’enfuie en jurant de ne plus le revoir.
Le lendemain, déguisé en moine, Raymond attend Agnès à l’église afin de s’excuser. Ils s’expliquent dans le confessionnal. Contre toute attente, Agnès lui pardonne et accepte son plan d’évasion. Hélas, au moment où Raymond lui remet le costume de la Nonne Sanglante, Dame Cunégonde les surprend et menace de donner l’alerte. Cristobal l’assomme et va la dissimuler dans une caverne près du château. Raymond et Agnès se séparent après s’être redonnés rendez-vous pour minuit.
De son côté, la Baronne engage Jacques et Robert, les deux brigands, à tuer Raymond et, se faisant, à venger leur père. Ils promettent de le traquer sans relâche.
Minuit sonne. Agnès est retenue dans sa chambre, enfermée par la Baronne.
Raymond arrive au lieu du rendez-vous. C’est la véritable Nonne Sanglante qui se présente à lui. La prenant pour Agnès, Raymond lui jure un amour absolu et éternel. Ils partent ensemble. Agnès, qui a finalement réussi à s’évader, arrive juste à temps pour voir le carrosse s’éloigner à folle allure. Elle est alors persuadée que Raymond l’a abandonnée. Un vent surnaturel pousse le carrosse. Raymond ne parvient pas à ralentir la course de ses chevaux. Le carrosse verse dans un effroyable craquement. La «fausse Agnès » disparaît. Raymond, inconscient, est recueilli par des paysans.

ACTE IV – L’Errance Cristobal, resté en arrière afin de relâcher Dame Cunégonde, erre de ville en ville à la recherche de son maître. Il rencontre le Grand Mogol, personnage énigmatique, qui se dit lui aussi à la recherche de Raymond. Raymond est toujours quasi-inconscient. Chaque soir, à minuit, la Nonne Sanglante vient le visiter et lui répète son serment. Les cauchemars de Raymond racontent par fragment la vie de la Nonne : son épopée scandaleuse, son assassinat par les agents du pape… Les paysans semblent prendre un vif amusement au délire de leur malade et accompagnent ses hurlements avec leurs violons.
La Baronne annonce à Agnès que sa prise de voile est avancée. Elle partira le lendemain pour Rome. Une fois seule, Agnès qui n’a rien dit de tout leur entretien, est prise d’un malaise. Elle est assurée, désormais, d’être enceinte.
Cristobal retrouve Raymond et lui présente le grand Mogol. Ce dernier, à l’issue d’un exorcisme douloureux, parvient à délivrer le malade de l’emprise du spectre. Raymond doit s’engager toutefois à retrouver les ossements de la Nonne et à leur donner une sépulture. Après avoir succinctement raconté son histoire – laquelle laisse à penser qu’il n’est autre que le Juif Errant en personne, « incarnation de la folie des hommes » – le Grand Mogol disparaît sans laisser de traces. La Baronne n’ayant plus personne sur qui exciter sa perfidie, fouille dans les effets laissés par Agnès et trouve au milieu d’un paquet de lettres de Raymond, le « philtre d’amour ». Croyant alors apercevoir Raymond de sa fenêtre, elle avale le contenu de la fiole dans un accès de fureur. Le breuvage agissant sur cet amour changé en haine, lui brûle les entrailles et la fait se tordre dans d’atroces souffrances.
Raymond est effectivement revenu aux environs du château, dans la caverne qu’il reconnaît -pour l’avoir vue en rêve – être l’endroit où la Nonne fut assassinée. Cristobal fait office de prêtre pour célébrer « l’enterrement ». Raymond semble pleurer une amante perdue. Alors, ô miracle, le spectre de la Nonne apparaît une dernière fois pour saluer en Raymond « le plus bon et le plus sincère des hommes ».

ACTE V – La Cérémonie des voeux
Tandis que la Baronne agonise encore, le Baron écrit à Agnès pour lui annoncer la mort de sa tante : elle est donc libre à présent de ne plus prendre le voile et d’aller retrouver Raymond. Agnès décide cependant de n’en rien faire et de perdre son enfant selon les méthodes en usage dans tous les couvents réguliers.
Rome, le jour de la cérémonie des voeux. Devant la cathédrale, Jacques et Robert, costumés en gardes suisses, attendent l’arrivée de Raymond, certains qu’il ne manquera pas de venir empêcher le « mariage » d’Agnès.
Dans une rue avoisinante, Cristobal met en garde Raymond contre les tueurs de la Baronne : jamais il ne pourra pénétrer vivant dans la cathédrale. Au grand dam de son valet, Raymond a de nouveau une « idée ». Ils partent tout deux chez le charpentier du coin. Cristobal, déguisé en apprenti, demande à Jacques et Robert, toujours à leur poste, de l’aider à porter le nouveau « christ » qu’il doit livrer à la cathédrale. Bon gré mal gré, ils vont déposer la gigantesque croix – sur laquelle est faussement cloué Raymond, grimé, à demi nu – au pied de l’autel. Le stratagème fonctionne à merveille si ce n’est qu’au passage de la grande porte, la tête de Raymond heurte violemment un battant.
Une fois seul devant la croix, Cristobal pleure son maître qu’il croit mort. Un moine vient le consoler, en vain.
La cathédrale se remplit de monde. Les novices, dont Agnès, prennent place. La cérémonie commence. Agnès prononce ses voeux la première. C’est alors - trop tard - que Raymond reprend connaissance. A la stupéfaction de l’assistance, il descend – ou plutôt tombe – de la croix, dans une parodie de résurrection. Aussitôt reconnu puis poignardé par Jacques et Robert, il meurt dans les bras d’Agnès en lui jurant qu’il ne l’a pas abandonnée.
Elle se relève maculée de sang, « tenant d’une main la lampe, de l’autre le poignard » ainsi que… LA NONNE SANGLANTE ! La foudre s’abat sur la cathédrale qui disparaît, avec ses occupants, dans un immense nuage de fumée.