Metteur en scène, elle écrit et dirige en 1997 Juana la Loca (Jeanne la Folle) présentée à la MC93 Bobigny ; en 2000, elle monte Au But de Thomas Bernhard au Théâtre de Vidy- Lausanne et à la MC93 Bobigny, en 2001 La Fin de l’amour de Christine Angot à la Ménagerie de Verre à Paris ; en 2002, Visites de Jon Fosse au Festival d'Avignon puis au Théâtre des Bouffes du Nord ; en avril 2006 elle monte Le Viol de Lucrèce de William Shakespeare à la MC93 Bobigny.
Marie Louise Bischofberger a mis en scène en janvier 2009 au Théâtre de la Madeleine « Je t’ai épousée par allégresse » de Natalie Ginzburg.

Conseillère dramaturgique, elle collabore avec Luc Bondy depuis 1989 pour de nombreuses créations : en 1990 Don Giovanni de Mozart (Theater an der Wien, Autriche) ; en 1992 Cœur final de Botho Strauss (Schaubühne, Berlin), Salomé de Richard Strauss (Festival de Salzburg) ; en 1993 John Gabriel Borckman d’Ibsen (Théâtre de Lausanne et Odéon-Théâtre de l’Europe, Paris), La Ronde, opéra d’après Arthur Schnitzler ; en 1994 L’équilibre de Botho Strauss, L’heure où nous ne savions rien l’un de l’autre de Peter Handke (Schaubühne, Berlin) ; en 1995 Les noces de Figaro de Mozart (Festival de Salzbourg) ; en 1996 L’Illusionniste et Faisons un rêve de Sacha Guitry (Schaubühne, Berlin), Don Carlos de Verdi (Théâtre du Châtelet, Paris), en 1997 Jouer avec le feu de Strindberg (Théâtre Vidy-Lausanne et Bouffes du Nord, Paris) ; en 2003 et 2004, Une Pièce espagnole de Yasmina Reza et en 2004 et 2005 Mademoiselle Julie, opéra de Philippe Boesman ; en 2007 reprise de Salomé, de Richard Strauss, à La Scala de Milan avec une nouvelle distribution.

Dramaturge librettiste, elle adapte en 1999 Figaro divorce d’Ödon von Horvàth, mise en scène de Luc Bondy. Elle cosigne avec Luc Bondy plusieurs livrets pour Philippe Boemans : le livret de Conte d’hiver, en 2000, de Mademoiselle Julie, en 2005, de Yvonne, Princesse de Bourgogne, première à Opéra Garnier janvier 2009.