Un couple rentre à son domicile : Margot, une jeune femme, et son compagnon David, du même âge, confronté à un sévère problème d’eczéma. Une dispute éclate. Margot se révèle être une femme fragile, perturbée et terrifiée par le monde qui l’entoure. Quelque chose d’indicible se fait jour, un secret qui les ronge l’un et l’autre, et dont les fantômes viennent hanter leur maison. Il semblerait que la maison ait eu une vie avant eux. Le jour est la nuit fait allusion à la première guerre israélo-arabe, qui conduisit à un exode massif du peuple palestinien, et pose le problème crucial des réfugiés, de leur droit au retour, considéré pour beaucoup comme un préalable incontournable à toute idée de paix.