Kafka Tamura, quinze ans, s'enfuit de sa maison de Tokyo pour échapper à la terrible prophétie que son père a prononcée contre lui. De l'autre côté de l'archipel, Nakata, un vieil homme amnésique décide lui aussi de prendre la route. Leurs deux destinées s'entremêlent pour devenir le miroir l'une de l'autre tandis que, sur leur chemin, la réalité bruisse d'un murmure enchanteur. Les forêts se peuplent de soldats échappés de la dernière guerre, les poissons tombent du ciel et les prostituées se mettent à lire Hegel.