Au XVIIIe siècle, une jeune fille nommée Suzanne Simonin est contrainte par ses parents de prononcer ses vœux au terme de son noviciat. En effet, pour de prétendues raisons financières, ceux-ci ont préféré enfermer leur fille au couvent. C’est en réalité parce qu’elle est une enfant illégitime et que sa mère espère ainsi expier sa faute de jeunesse. C’est dans la communauté des clarisses de Longchamp qu’elle rencontre la supérieure de Moni. Celle-ci, une mystique, se lie d’amitié avec la jeune fille avant de mourir. La période de bonheur et de plénitude s’achève pour l’héroïne avec l’arrivée d’une nouvelle supérieure : Sainte-Christine. Au courant que Suzanne désire rompre ses vœux et que pour ce faire, elle a intenté un procès à la communauté, la supérieure opère un véritable harcèlement moral et physique sur Suzanne. L'infortunée subit de l’ensemble de la communauté, à l’instigation de la supérieure, une multitude d’humiliations physiques et morales. En perdant son procès, Suzanne est condamnée à rester au couvent. Cependant son avocat, Maître Manouri, touché par sa détresse, obtient son transfert au couvent Saint-Eutrope. Au terme de son calvaire, Suzanne pardonne à ses bourreaux tout en continuant à poursuivre ses réflexions éminemment subversives sur le bien-fondé des cloîtres et de l’univers conventuel. Son arrivée dans la communauté de Saint-Eutrope marque le début de l’épisode le plus fameux de La Religieuse. En effet, cette période est caractérisée par l’entreprise de séduction de la supérieure à son égard. Celle-ci sombre dans la folie devant l’indifférence et l’innocence de la chaste Suzanne. Consciente de la dangerosité de ses désirs pervers qu’elle ne peut refouler, elle se livre aux macérations et au jeûne avant de mourir démente. Incapable de rester plus longtemps cloîtrée, Suzanne réussit à s’enfuir du couvent. Dans une conclusion à peine esquissée, l’auteur nous fait comprendre que Suzanne dans la clandestinité attend l’aide du marquis de Croismare et vit dans la peur d’être reprise.