Aninka et Pepíček sont frères et sœurs, orphelins de père. Leur mère est malade et le docteur dit qu'elle a besoin de lait. Mais les enfants n'ont pas d'argent. Ils décident de chanter sur la place du marché pour en avoir. Mais le tyrannique Brundibár les pourchasse et étouffe leurs chants avec son orgue de barbarie. Avec l'aide des enfants des rues, d'un oiseau intrépide, d'un chat vif et d'un chien savant, Aninku et Pepíček vont chercher à s'en débarrasser...