De mère belge et de père italien, elle a d’abord été assistante sociale, a travaillé ensuite à la Maison de la Culture de Namur, puis reprend son premier métier dans une institution hospitalière (la Maternité provinciale de Namur), où elle rencontre le docteur Willy Peers, médecin communiste et grand avocat de la dépénalisation de l'avortement.
C'est à partir de cette expérience qu'elle écrira Hôpital silence, (1985), où l'influence de Marguerite Duras se fait particulièrement sentir (de son propre aveu, Nicole Malinconi cite Marguerite Duras comme l'auteur qui lui a donné le goût de l'écriture et l'a le plus influencée). Elle publie ensuite le récit L’attente (1989), puis Nous deux, récit sur la relation mère-fille qui remporte le Prix Victor Rossel en 1993, Da solo (un récit abordant le point de vue du père, formant un diptyque avec Nous deux), Rien ou presque (très courts textes génériquement assumés sous le nom de "brèves"), A l'étranger (sur l'enfance italienne).
Hôpital silence et L’Attente ont été republiés en 1996 par les Éditions Labor (collection Espace Nord), avec une analyse de Jean-Marie Klinkenberg. Jean-Paul Hiernaux a analysé très finement l'une des œuvres les plus féminines de la littérature qu'est Nous deux. Des extraits de Nous deux ont été adaptés pour le théâtre par la comédienne Nicole Colchat, sous le titre Elles, spectacle créé à Namur en mai 1996. Nicole Malinconi a également travaillé à la maison de la Poésie et au Musée Félicien Rops à Namur.
Elle publie régulièrement des textes brefs, souvent accompagnés de dessins ou lithographies.