Né en 1948 à Zurich, il vit une partie de son enfance et de son adolescence à Paris. Il y fréquente l’école de pantomime de Jacques Lecoq avant de faire ses débuts au Théâtre Universitaire International avec une adaptation de Gombrowicz. En 1969, il est engagé comme assistant au Thalia Theater de Hambourg. Deux ans plus tard, il entame une carrière de metteur en scène qui l’amène à signer une soixantaine de spectacles à ce jour, d'abord à travers toute l'Allemagne (Wietkiewicz, Genet, Büchner, Fassbinder, Ionesco, Shakespeare, Goethe, Bond, Ibsen, Botho Strauß, Beckett, Shakespeare...) puis dans le monde entier.
En 1984, il met en scène au Théâtre des Amandiers, que dirige Patrice Chéreau, Terre Etrangère d’Arthur Schnitzler et Le Conte d’Hiver de William Shakespeare, dans la nouvelle traduction de Bernard-Marie Koltès. Un an plus tard, il succède à Peter Stein à la direction de la Schaubühne de Berlin. Depuis, il a notamment monté Die Zeit und das Zimmer (Le Temps et la chambre) de Botho Strauß (Berlin 1989), John Gabriel Borkman d’Ibsen (Lausanne, Vienne et Paris, Odéon 1993), En attendant Godot de Beckett (Lausanne, Vienne et Paris, Odéon 1999), Die Möwe (La Mouette) de Tchekhov (Vienne 2000, Paris, Odéon 2002), Drei Mal Leben (Trois Versions de la vie) de Yasmina Reza (Vienne 2000), Auf dem Land (La Campagne) de Martin Crimp (Zurich et Berlin 2001), Unerwartete Rückkehr (Retour inattendu) de Botho Strauß (Berlin 2002), Anatol d’Arthur Schnitzler (Vienne 2002), Une pièce espagnole de Yasmina Reza (Paris 2004), Cruel and Tender (Tendre et cruel) de Martin Crimp (Vienne et Londres 2004), Die eine und die andere de Botho Strauß (Berlin 2005), Viol, d’après Titus Andronicus de Shakespeare de Botho Strauß (Paris, Odéon 2006), La Seconde surprise de l'amour de Marivaux (Nanterre, 2007), Les Chaises d'Ionesco (Nanterre, 2010). Au Young Vic de Londres, en 2010, Luc Bondy a mis en scène Sweet Nothings (Liebelei) d’Arthur Schnitzler (texte de David Harrower), puis créé en juin de la même année Helena (Hélène) d’Euripide (traduction de Peter Handke) au Burgtheater de Vienne.
A l'Opéra, citons Wozzeck (Hambourg 1976), Così fan tutte (Bruxelles 1986), Salomé (Salzbourg, Florence, Londres et Paris dès 1992), Don Carlos (Paris 1996), Macbeth (Edimbourg 1999 et Vienne 2000), Le Conte d’hiver de Boesmans (Bruxelles 1999), The Turn of the Screw de Britten (Aix-en- Provence 2001 et Vienne 2002, Paris 2005), Hercules de Händel (Aix-en-Provence 2004 et Vienne 2005), Julie de Philippe Boesmans (Bruxelles, Vienne et Aix-en-Provence 2005), Idomeneo de Mozart à la Scala de Milan (2005), Yvonne Princesse de Bourgogne de Philippe Boesmans à l’Opéra Garnier (2009), Tosca de Puccini au Metropolitan de New York (2009 ; reprise à Munich en juin 2010 puis à la Scala en 2012).
Au cinéma, il a réalisé trois films : Die Ortliebschen Frauen (1979) ; Terre étrangère, avec Michel Piccoli, Bulle Ogier, Alain Cuny (1988) ; Ne fais pas ça avec Nicole Garcia, Natacha Régnier et Dominique Reymond (2004). Il a également écrit plusieurs livres, publiés chez Grasset ou Christian Bourgois. Dernier titre paru : A ma fenêtre (2009).
Luc Bondy, qui dirige les Wiener Festwochen depuis 2001, est directeur de l'Odéon-Théâtre de l'Europe depuis mars 2012.