Sebastian Baumgarten est né en 1969 à Berlin et y étudie la mise en scène à partir de 1989 à l’école supérieure de musique Hanns Eisler. il y mettra en scène La délivrance de Thésée de Darius Milhaud en 1992. durant ces premières années, il est assistant sur des productions de Ruth Berghaus, Einar Schleef ou Robert Wilson, et met lui-même en scène à partir de 1992.

C’est vers l’opéra qu’il s’oriente au début de sa carrière, signant à partir de 1995 plusieurs grandes mises en scène, parmi lesquelles L’histoire du soldat de Stravinski au Semperoper de Dresde (1995), L’enlèvement au sérail au Staatstheater Cottbus (1999), Le Chevalier à la rose de Richard Strauss au Staatstheater Kassel (2000) ou Werther de Jules Massenet à la Deutsche Oper de Berlin (2002). en 2002, il reçoit le prix Götz-Friedrich pour sa mise en scène de Tosca au Staatstheater Kassel, et est élu metteur en scène d’opéra de l’année en 2006 par la critique pour sa mise en scène d’Oreste de Händel en 2006 à la Komische Oper de Berlin. en 2008, il met en scène Tosca à la Volksbühne am rosa Luxemburg-platz.

Après avoir été metteur en scène-directeur au Staatstheater Kassel de 1999 à 2002, il est nommé premier metteur en scène au théâtre de Meiningen pour le théâtre et l’opéra en 2003, poste qu’il occupe jusqu’en 2005.

Parallèlement à ces travaux d’opéra, Sebastian Baumgarten met régulièrement en scène les oeuvres du théâtre dramatique en élargissant celui-ci à des matériaux autres, comme c’est notamment le cas pour son travail autour de l’oeuvre de Lars Von Trier, avec Epidemic au Hebbel Am Ufer de Berlin en 2004 et en 2007 Europa au Schauspielhaus de Düsseldorf. Parmi ses autres travaux : Richard III de Shakespeare (Staatsschauspiel de Hanovre, 2005) Les sorcières de Salem d’Arthur Miller (Schauspiel Köln, 2006), Faust de Goethe (Staatsschauspiel de Hanovre 2007), Les Mains sales de Sartre et Le maître et Marguerite d’après Boulgakov (Schauspielhaus de Düsseldorf 2006, respectif 2008).