Particulièrement sombre, la légende de Médée est constituée d’une succession de meurtres ponctués de fuites, qui la voient accomplir un voyage à travers la Grèce. L’histoire de Médée débute avec l’arrivée des Argonautes en Colchide. Ceux-ci recherchaient la Toison d’or sous le commandement de Jason (la quête ayant été initiée par son oncle Pélias). La Toison était détenue par le roi Éétès qui accepta de la céder si les héros accomplissaient certaines tâches apparemment impossibles.

Or Médée était tombée amoureuse de Jason sitôt qu’elle l’avait vu. Le héros, lui, convoitait surtout l’aide providentielle que ses pouvoirs pourraient apporter, aussi il donna la réplique, promettant à Médée de s’enfuir avec elle et de l’épouser dès qu’ils seraient parvenus en Grèce.

C’est ainsi que les Argonautes purent triompher des différentes embûches et conquérir la Toison d’or. Furieux, Éétès entreprit de les poursuivre, mais Médée favorisa leur fuite en tuant son frère cadet Apsyrtos : selon une version de l’histoire, elle le tua et le découpa en morceaux, les dispersant, si bien que son père, à la poursuite des Argonautes, s’attarda à ramasser les fragments du corps ; dans d’autres versions, Apsyrtos est déjà adulte et mène lui-même la poursuite jusqu’au moment où Médée le tue.

De  retour  à  Iolcos,  Jason  constate  que  Pélias  a  profité  de  son  absence  pour  tuer  son  père  et se débarrasser de sa famille. Médée met alors au point une ruse pour le venger : elle se  présente  au  palais  de  Pélias  comme  une  prêtresse  d’Artémis  et  devant  les  filles  du  roi,  elle rajeunit un bélier en le faisant bouillir dans un chaudron avec des herbes magiques. Elle les persuade ensuite d’en faire autant avec leur père, mais elle leur donne des herbes  sans  aucun  pouvoir,  et  les  filles  de  Pélias  causent  malgré  elles  la  mort  de  leur  père.

Jason  et  Médée  sont  bannis  d’Iolcos  par  Acaste,  fils  de  Pélias  ;  ils  se  réfugient  alors  à  Corinthe,  où  ils  sont  accueillis  par  le  roi  Créon.  Mais  Jason  tombe  amoureux  de  la  fille  du roi, Créüse, et il se marie avec elle, répudiant Médée. Celle-ci se vengera en tuant sa rivale et son père, ainsi que les enfants qu’elle avait eus avec Jason (Phérès et Merméros) dans certaines traditions. De désespoir, Jason se donne la mort.

Médée, menacée par les Corinthiens, s’enfuit et trouve refuge auprès d’Égée, roi d’Athènes :  elle  lui  promet  ce  qu’il  convoite  le  plus  —  un  fils  —  et  il  accepte  de  l’épouser.  Un  enfant, Médos, naîtra effectivement peu après, pour qui Médée nourrira un destin royal ; cependant  l’arrivée  de  Thésée  (fils  inconnu  d’Égée)  à  Athènes  bouleversera  ses  plans  et  la  dressera contre le nouveau venu. Après plusieurs tentatives infructueuses, Médée réussit à convaincre son époux que Thésée est un traître, et qu’il convient de l’empoisonner : le  drame  est  évité  de  justesse,  Égée  reconnaissant  son  fils  à  son  épée  au  dernier  moment.  Découverte, Médée doit fuir Athènes : elle rentre alors vers sa Colchide natale avec son fils  Médos.  En  ce  lieu,  elle  trouve  sur  le  trône  Persès,  son  oncle,  qui  avait  détrôné  son  père après la fuite des Argonautes. Elle le tue et restitue le pouvoir à son père, Éétès. Dans certaines traditions, Médée est présentée après sa mort comme l’épouse d’Achille dans les Îles des Bienheureux.