Nils Holgersson, un petit garçon qui ne pense qu'à dormir, voyager, partir à l'aventure, manger et jouer de mauvais tours, vit dans la ferme de ses parents en Scanie, dans le sud du pays. Il aime particulièrement persécuter les animaux, notamment les oies.

Un dimanche où ses parents l'ont laissé seul à la maison, il rencontre un tomte, une sorte de lutin qui, pour le punir, le transforme lui aussi en un être tout petit. Par contre, il lui octroie la capacité de parler avec les animaux. Au même moment, un jars de la ferme décide d'accompagner un groupe d'oies sauvages dirigé par...