Chez Jacques Lecoq, Alain Mollot rencontre un groupe de comédiens avec qui, pendant 10 ans, il établira les bases du travail de la compagnie de la Jacquerie : résolument charnel et populaire, la compagnie s'inspire d'enquêtes, de nouvelles, de romans. Les comédiens improvisent, les auteurs écrivent. L'écrivain Jean-Pierre Chabrol accompagne la compagnie sur 6 créations (dont « Tit Bonhomme l'est pas très mort » et « Lumpen »). Puis ce sont de jeunes auteurs comme Jean-Louis Bauer (« Macadam Quichotte ») ou Philippe Raulet.
En 1985, la compagnie s'installe à Villejuif et explore le répertoire (« L'école des femmes » de Molière, « Le café » de Goldoni, « Maître Puntila et son valet Matti » de Brecht, etc ...) Alain Mollot écrit et monte son premier texte « Sur le sable » en 1993. Puis, c'est le retour au travail de groupe avec une nouvelle génération de comédiens et à l’improvisation avec « Croquis marrant d’une vie redoutée », « Cabaret monstre » puis au théâtre inspiré de témoignages avec « Roman de familles », « La fourmilière ». Parallèlement il revient au texte en mettant en scène « Le manteau » d’après Gogol avec des comédiens rencontrés à l’Institut National de la Marionnette à Charleville-Mézières où il a enseigné et « La fin d’une liaison » adaptation du roman de Graham Greene.
En 2011, il achève avec « Res Publica» la trilogie entamée avec la famille et le travail en s’intéressant à la question de la nation.
En 2013 Alain Mollot met en scène pour la première fois un texte contemporain « La ville » d’Evgueni Grichkovets.
Ces dernières années son travail rend compte d'un va et vient constant entre les spectacles créés à partir de témoignages et la mise en scène de grandes fables modernes. La fiction nourrit le réel et le réel la fiction. Les langages théâtraux s'entremêlent librement : jeux réalistes, masques, marionnettes, chansons...
De septembre 2001 au juin 2010 Alain Mollot il a été à la direction du Théâtre Romain Rolland où il a cherché à promouvoir un « théâtre du geste et de l'image ».
La compagnie est soutenue par le Ministère de la culture / DRAC Ile-de-France, le Conseil Général du Val-de-Marne, la municipalité de Villejuif.