Né à Athènes, Yannis Kokkos vit en France depuis en 1963.

C'est en 1987 que Yannis Kokkos réalise sa première mise en scène avec la création de La Princesse blanche de Rilke (Théâtre de la Ville, Théâtre de l'Escalier d'Or).

Yannis Kokkos alterne depuis théâtre et opéra, grands spectacles et oeuvres intimistes : L'Oresteia de Xenakis (Gibellina en Sicile), Boris Godounov (Bologne et Opéra Bastille), La Damnation de Faust (Châtelet), Death in Venice de Britlén (Nancy, création en France), Iphigénie et La Thébaïde de Racine (Comédie-Française), Carmen,Tosca, Don Giovanni (Chorégies d'Orange), Tristan und Isolde (Welsh National Opera et Covent Garden), Zelmira (Rossini Opera Festival et Opéra de Lyon),Salome (Opéra de Bordeaux), Norma (Opéra Bastille), Tristes Tropiques d'Aperghis (Création mondiale à Strasbourg en 1996), Alceste et La Dame de pique (Scottish Opera), Elektra (Opéra de Lyon), Hänsel und Gretel (Châtelet), Götterdämmerung (Scala de Milan), Outis (Création en France 1999), Pelléas et Mélisandre de Debussy (Opéra de Bordeaux, Montpellier et Toulouse), Le Vaisseau fantôme (Bologne), Onysos le furieux de Laurent Gaudé (Création 2000 au TNS),L'Orestie de Eschyle (2001, Théâtre d'Epidaure avec le Théâtre National de Grèce), Le Songe d'une nuit d'été (2002, Théâtre Les Amandiers), Iphigénie en Auride de Gluck (2002, Scala de Milan),Phedre de Britten et Didon et Enée de Purcell (2003, Opéra de Nancy), Je meurs comme un pays de Dimitris Dimitriadis (2003, Théâtre du Rond Point)..

Avant de se consacrer à la mise en scène, Yannis Kokkos réalise dès 1965 la scénographie et les costumes d'un grand nombre de pièces de théâtre et d'opéras.
Il collabore ainsi avec plusieurs metteurs en scène, et partage principalement l'aventure artistique d'Antoine Vitez de 1969 à 1990, du théâtre des Quartiers d'Ivry au Théâtre national de Chaillot en passant par la Comédie Française : Le Partage de Midi, Le Soulier de satin, Electre, Hamlet, La Vie de Galilée... et Le Triomphe de l'amour au Piccolo Teatro.

Pour l'opéra, Yannis Kokkos signe la scénographie et les costumes de Macbeth (Opéra de Paris), Pelléas et Mélisandre (Scala,Vienne, Covent Garden), Die Zauberflöte (Vienne), Don Carlo (Bologne) et Elektra (Genève, San Francisco).

Pour le ballet, Yannis Kokkos crée les décors et les costumes des chorégraphies de John Neumeier : Undine, L'Odyssée, Silvia, Winterreise, à Hambourg et à Paris.

En 1987, Yannis Kokkos obtient le Prix du Syndicat de la Critique pour le décor d' Electre, l'année suivante, deux Molières pour le décor de L'Echange et les costumes de Madame de Sade et la Médaille de la Quadriennale de Scénographie de Prague pour l'ensemble de son travail.
En 1998, Yannis Kokkos reçoit le prix Laurence Olivier du meilleur spectacle lyrique pour sa mise en scène de La Clemenzia di Tito (Welsh National Opera et Opéra de Bordeaux).