Après des études de philosophie, d’anglais et d’études théâtrales à l’Université de Paris X-Nanterre, et de dramaturgie à l’école du Théâtre National de Strasbourg dont elle sort en 2004, Marion Stoufflet travaille comme dramaturge aux côtés de Jean-François Peyret, Émilie Rousset, Ludovic Lagarde et Guillaume Vincent, avec qui elle fonde la Compagnie MidiMinuit en 2002 et poursuit un compagnonnage étroit.
Depuis 2006, elle accompagne les projets de Ludovic Lagarde. Outre les créations théâtrales – Richard III de Peter Verhelst, Un mage en été d'Olivier Cadiot – elle travaille avec ce dernier sur deux opéras de Pascal Dusapin et de Wolfgang Mitterer.
Elle fait partie du Collectif de la Comédie de Reims depuis 2008.
Marion Stoufflet a fait partie de différents comités de lecture, (Théâtre National de Strasbourg, du Théâtre du Rond Point et de la Comédie-Française) et en anime un autour des écritures contemporaines auprès de spectateurs à Reims depuis 2009. Elle a aussi enseigné à l’université d’Evry, à l’École Supérieure d’Études Cinématographiques (Paris 12) et à l’Institut International de la Marionnette de Charleville-Mézières.