Né en 1968, il a mis en scène L’Intervention de Victor Hugo pour le Festival “Les Nuits de Fourvière” à Lyon en 2002, et La Trahison orale de Maurizio Kagel, en collaboration avec l’Orchestre national de Lyon au Théâtre des Célestins.

En 2004, il met en scène au Théâtre Gérard Philipe de Saint-Denis, La Mère de Stanislas I. Witkiewicz dans le cadre de la Saison Polonaise en France, ainsi que deux pièces de Martin Crimp, Face au mur et Cas d’urgences plus rares au Théâtre national de Chaillot. Il reçoit pour ces deux spectacles le Prix de la révélation théâtrale de la mise en scène, décerné par le Syndicat de la critique Théâtre, Musique et Danse en juin 2004, et Hélène Alexandridis celui de la meilleure actrice pour son interprétation du rôle de la Mère.
En janvier 2006, il met en scène Le Baladin du monde occidental de John Millington Synge au Théâtre national de Chaillot, au Théâtre Vidy- Lausanne, puis en tournée en France et en Suisse. Le spectacle est nommé aux “Molières” 2006, et Dominique Reymond reçoit le prix de la meilleure actrice, décerné par le Syndicat de la critique, pour son interprétation du rôle de la Veuve Quinn.

En juin 2006, il met en scène l’opéra Les Aveugles de Xavier Dayer d’après Maurice Maeterlinck, avec l’Atelier lyrique de l’Opéra national de Paris au Théâtre Gérard Philipe de Saint-Denis, puis à l’Almeida Theatre à Londres (reprise à l’Amphithéâtre Bastille en juin 2008) ; puis en juillet 2006 La Dispute de Marivaux pour le Festival des Nuits de la Bâtie. Le spectacle est repris en tournée en France dont la MC93 Bobigny et en Belgique de septembre 2006 à mars 2007.

Pour le Festival Odyssées 2007 (jeune public), il met en scène L’Assassin sans scrupules de Henning Mankel (reprise en tournée de janvier à mars 2008).

En janvier 2009, il crée en France La Ville de Martin Crimp au Théâtre des Célestins à Lyon, avant une tournée française qui passe par le Théâtre de la Ville à Paris.

En avril, il dirige à nouveau les chanteurs de l’Atelier Lyrique pour Le Mariage secret de Cimarosa qu’il met en scène à la MC93 de Bobigny.

En novembre, il met en scène Les Affaires sont les affaires d’Octave Mirbeau au Théâtre du Vieux-Colombier-Comédie Française.

Après la création en janvier 2011 des Femmes savantes, Marc Paquien met en scène l’opéra L’Heure espagnole de Maurice Ravel avec l’Atelier Lyrique de l’Opéra National de Paris en mars.

Il enchaîne avec la reprise des Affaires… au Vieux-Colombier.