Au théâtre, sur des textes classiques comme contemporains, Lionel Parlier est à la fois acteur (sous la direction de Thierry Atlan, Antoine Diaz-Florian, Vincent Tavernier, Paul Golub, Jacques Bioulès ou David Ayala), metteur en scène (aux Carré Silvia Montfort, Théâtre du Hangar à Montpellier, Festival de La Luzège, Théâtre 95 de Cergy-Pontoise, Théâtre Firmin Gémier d‟Antony, Centre des Arts du Récit de Grenoble, Théâtre Vidy-Lausanne, Théâtre de la Ville à Paris, Théâtre Paris-Villette, Théâtre des Quartiers d'Ivry, Comédie de Reims, Grand T à Nantes, Théâtre de l'Union à Limoges, Théâtre du Cloître à Bellac, DSN à Dieppe, Opéra Théâtre de Limoges, etc.) et pédagogue puisqu‟il dirigera de 1994 à 1998 un atelier de recherche et d‟expérimentation et qu‟il enseigne encore, entre autres, au Conservatoire National des Arts et Métiers et à l'Ecole Normale Supérieure à Paris.

Il travaille également beaucoup pour l‟Opéra où il mettra en scène H. Von Bingen, Purcell, Stravinsky, Mozart, Bizet, Tchaïkovski… ainsi que des créations contemporaines de Nyssen / Lièvre et de Donahue / Argento, avec entre-autre l‟Opéra d‟Avignon, les Jeunes Voix du Rhin / Atelier du Rhin / l‟Opéra National du Rhin ou l'Opéra-Studio de Genève. Il assistera également Robert Wilson à l‟Opéra National de Paris.

De 2000 à 2002, il sera nommé directeur artistique du Festival de la Luzège en Haute-Corrèze, festival de théâtre, opéra, danse et arts plastiques en milieu rural.