Jean Lacornerie est né en 1963 à Strasbourg. Alors qu’il est encore étudiant, il rencontre Jacques Lassalle, directeur du Théâtre national de Strasbourg (TNS), à l’occasion d’un travail universitaire sur Marivaux. Il devient son assistant de 1987 à 1990 sur la création de dix spectacles. Il réalise ses premiers essais de mise en scène avec les élèves de l’école du TNS.
En septembre 1990, Jacques Lassalle le nomme, à 27 ans, Secrétaire général de la Comédie-Française. Il y mène à bien l’ouverture du Théâtre du Vieux Colombier où il met en scène, une année plus tard, La Glycine de Serge Rezvani (1993).
En 1992, Jean Lacornerie fonde la compagnie Ecuador à Lyon. Il s’intéresse tout particulièrement aux écritures contemporaines et met en scène notamment : Saint Georges chez les Brocchi de Carlo Emilio Gadda (1993), Une idée à vendre de Daniele Del Giudice (1994), Eros et Priape de Carlo Emilio Gadda (1995), Joséphine, une petite révolte dans un placard à balais de Guy Walter (1997), Eva Peron de Copi (1999), Les Cyniques d’Anatoli Mariengof (2001).
Dès 1994, il confie la direction musicale de la compagnie à Bernard Yannotta, compositeur américain qui se plaît à mélanger les genres. Avec lui, il explore différentes formes du théâtre musical et crée notamment, en résidence à l’Espace Malraux de Chambéry, L’Homme qui prenait sa femme pour un chapeau de Michael Nyman, Trouble in Tahiti de Leonard Bernstein ainsi que Mahagony et Happy End de Kurt Weill et Bertolt Brecht.
Jean Lacornerie est également l’invité de plusieurs festivals de musique à travers le monde : le Festival Romaeuropa en 1993 et le Spoleto Festival USA en 1994 avec La Trahison orale de Mauricio Kagel ; le Festival d’Ambronay avec Samson de Haendel dirigé par Ton Koopman (1999).
À partir de 2002, il dirige le Théâtre de la Renaissance à Oullins, où il crée, pour la première fois en France, Of Thee I Sing de George et Ira Gershwin et George Kaufmann (2003) ainsi que Le Rêve du général Moreau de Klabund avec le Quatuor Debussy (2005) et Les Folies d’Offenbach (2007).
En coproduction avec l’Opéra national de Lyon, il entreprend par ailleurs d’explorer le répertoire américain du XXe siècle. Il met en scène One Touch of Venus (2006), Lady in the Dark (nominé aux Molières 2009) de Kurt Weill ainsi que The Tender Land d’Aaron Copland en 2010. À l’Opéra national de Lyon, il met également en scène l’Orfeo de Luigi Rossi (2004), Mozart et Salieri de Rimski Korsakov (2010) et le projet participatif impliquant 300 amateurs avec l’orchestre de l’Opéra intitulé “Kaléidoscope” (2008 et 2010). Dernièrement, il présente en coproduction avec l’Opéra national de Lyon Vous qui savez… ou ce qu’est l’amour, spectacle qui revisite des airs féminins de différents opéras de Mozart.
En décembre 2010, il est nommé à la direction du Théâtre de la Croix-Rousse et prend ses fonctions en avril 2011. Pour sa première saison au Théâtre de la Croix-Rousse, il présente en décembre 2011 une version concert de West Side Story de Leonard Bernstein, entouré des Percussions Claviers de Lyon et des Solistes de Lyon-Bernard Tétu. En mai 2012, il met en scène Mesdames de la Halle, opérette en un acte de Jacques Offenbach, avec le Studio de l’Opéra de Lyon. Il met ensuite en scène la comédie musicale Bells are ringing (livret et chansons de Betty Comden et d'Adolph Green, musique de Jule Styne) et présente en 2013 Menu : plaisirs, récital de mélodies, d’airs d’opéra et de chansons, interprété par Jean-Paul Fauchécourt. En 2014, il propose au public l'opéra de Boris Blacher Roméo & Juliette, écrit & composé en 1944, à partir de l'œuvre de William Shakespeare, puis effectue une courte incursion dans le théâtre privé en mettant en scène le spectacle musical d'Erik Gedeon Forever Young, présenté à Bobino d'octobre 2015 à janvier 2016. Avec une partie de l'équipe des comédiens amateurs de Forever Young, il met en scène en 2016 L'Opéra de quat'sous de Bertolt Brecht et Kurt Weill.