Jean-Daniel Magnin est né en 1957 en Suisse.

En 1979, après des études de philosophie à la Sorbonne, il co-réalise sept spectacles « hors théâtre » qui l'amènent du Festival de Nancy en 1979 à celui d'Avignon en 1984, en passant par le Théâtre de la Bastille et des tournées à l'étranger. Pour Philippe Adrien, il adapte en 1991 Les Bacchantes d'Euripide (Actes Sud Papiers). Il a écrit une quinzaine de pièces de théâtre, la plupart éditées (Actes Sud-Papiers, Théâtrales, Lansman, Crater) ou jouées, dont La Tranche, créée au Festival d'Avignon 93 par Philippe Adrien ; Opéra Savon, créée en 2002 au Vieux-Colombier par Sandrine Anglade ; Léviathan Coccyx créée la même année à Québec par Philippe Morand.

Il collabore régulièrement avec la Compagnie de rue La Famille Magnifique de René Paréja. Il réalise le livret d'opéra du Petit Roi du Temple, pour la Maîtrise des Hauts-de-Seine, mis en scène par Sandrine Anglade à l'Opéra de Massy 2005 ( Actes Sud Junior, avril 2006).

Très engagé dans la création des Ecrivains associés du théâtre (EAT), il a suivi Jean-Michel Ribes au Théâtre du Rond-Point pour y exercer les fonctions de secrétaire général.