Jacques Bonnaffé consacre une part importante de son temps à la poésie et aux lectures publiques pour Rimbaud ou Jules Mousseron et des auteurs contemporains tels que Ludovic Janvier, André Velter, Jacques Darras, Jean-Pierre Siméon ou Jean-Pierre Verheggen, avec qui la régularité des rendez-vous, la complicité scénique, a pris forme de performance.

Il a travaillé au théâtre sous la direction, entre autres, de Gildas Bourdet (Britannicus, Les Bas-fonds), Hans Peter Cloos (Casimir et Caroline), Claude Stratz (Le Legs et L’épreuve de Marivaux), John Berry (Hello and Goodbye), Christian Rist (La Veuve), Patrice Kerbrat (La Fonction), Christian Schiaretti (Ajax), André Engel (Les Légendes de la forêt viennoise), Abbès Zahmani (Inaccessibles Amours), Simone Amouyal (Les Affaires du baron Laborde), Alain Françon (Dans la Compagnie des hommes, King et Petit Eyolf), Didier Bezace (Le Colonel Oiseau), Jean-François Peyret (Histoire Naturelle de l’Esprit, Chimères en Automne).

Au cinéma, il a notamment travaillé avec Jean-Luc Godard (Prénom Carmen), Jacques Renard (Blanche et Marie), Jean-Charles Tacchela (Escalier C.), Philippe Garrel (Elle a passé tant d’heures sous les sunlights), Jacques Doillon (La tentation d’Isabelle), Frédéric Compain (Résidence surveillée), Sébastien Grall (La femme secrète), René Feret (Baptême, Les frères Gravet), Jacques Fansten (La fracture du Myocarde, Roulez jeunesse), Richard Dindo (Arthur Rimbaud, une biographie), John Lvof (couples et amants), Olivier Ducastel et Jacques Martineau (Jeanne et le garçon formidable), Tonie Marshall (Vénus Beauté (institut)), Costa Natsis (Innocent), Jacques Rivette dans Va Savoir (présenté au Festival de Cannes 2001), Laetitia Masson (La Repentie), Yolande Moreau (Quand la mer monte), Olivier Ducastel et Jacques Martineau (Coquillages et crustacés), Dominik Moll (Lemming), Michel Deville (Le fil à la Patte), Christophe Otzenberger (Itinéraires), Denis Dercourt (La tourneuse de pages), Emmanuel Bourdieu (Les amitiés maléfiques). il est actuellement à l’affiche de deux films : Le deuxième souffle d’Alain Corneau et Exclusif de Jean Marc Moutout.

Il a mis en scène Paris-Nord, Attractions pour noces et banquets avec Catherine Jacob, Passages d’Arthur Rimbaud, Tour de Piste de Christian Giudicelli, Cafougnette et l’défilé d’après Jules Mousseron (joué pendant 12 ans), Comme des malades d’après des textes d’Hervé Prudon (au CDN de Caen et au Théâtre de la Bastille). Il a aussi monté 54/13, adapté d’un roman de Jean Bernard Pouy (au Théâtre national de Bretagne), les Banquets du Faisan (avec Lille 2004 et le Festival d’Automne à Paris), Jacques two Jacques de et avec Jacques Darras (au Théâtre de la Bastille), Sauvez les apparences (à la Ferme du Buisson), Joue moi quelque chose de John Berger. Il prépare la mise en scène de Display de Joseph Danan, avec la Comète, Scène nationale de Châlons en Champagne, où il sera artiste associé pendant deux ans.

Il a co-réalisé deux films autour de ses spectacles dans le Nord : Paris Nord et L’accent drôle pour la Sept et Arte, ainsi qu’un DVD Cafougnette, dernier défilé (voir les sites compagnie-faisan.org/bonnaffe.php et cafougnette.com).