À 18 ans, Edouard Baer s'inscrit au cours Florent où il rencontre la comédienne et metteur en scène Isabelle Nanty, dont il devient l'assistant. Parallèlement, il écrit des articles sur la vie nocturne parisienne dans les magazines Globe et Femme.

En 1987, il rencontre Ariel Wizman, avec qui il découvre rapidement des intérêts communs.

En 1992, ils commencent à animer ensemble La Grosse Boule, émission diffusée sur Radio Nova.

Après un détour par Canal Jimmy, ils interviennent sur Canal dès 1994, dans C'est pas le 20h. Puis, la même année, ils animent leur propre émission sur la chaîne cryptée : À la rencontre de divers aspects du monde contemporain.

Le duo se sépare, mais Edouard Baer reste sur Canal pour le Centre de visionnage, ovni télévisuel de 3 minutes diffusé quotidiennement à l'issue de Nulle part ailleurs.

Entre temps, il débute au cinéma en 1994 dans La Folie douce, de Frédéric Jardin. Il joue alors notamment sous la direction de Pascal Bonitzer (Rien sur Robert -1998) ; Frédéric Jardin (Les Frères Soeur - 1999; Cravate Club - 2002) ; Claude Miller (La Chambre des magiciennes - 2000 : Betty Fisher et autres histoires - 2001) ; Pascale Bailly, (Dieu est grand, je suis toute petite - 2001) ; Alain Chabat (Astérix et Obélix : mission Cléopâtre - 2001) ; Isabelle Nanty (Le Bison - 2002) ; Laurent Tirard (Mensonges et trahisons - 2004), Marion Vernoux (A boire - 2004) ; Jérôme Cornuau (Les Brigades du Tigre - 2006) ; Pascal Bonitzer (Je pense à vous - sortie prévue novembre 2006) ; Laurent Tirard (Molière ou le comédien malgré lui - sortie prévue janvier 2007).

En 2000, il écrit, réalise et produit son premier film La Bostella, dont il tient le rôle principal. En 2004, il réalise Akoibon, où il partage l'affiche avec Jean Rochefort.

Au théâtre, il est particulièrement remarqué pour son rôle dans Cravate Club (mise en scène Isabelle Nanty) pour lequel il reçoit un Molière.

Pendant 3 ans, il a dirigé avec François Rollin Le Grand Mezze du Théâtre du Rond-Point.