En 1987, il fonde sa compagnie à Lyon et présente d’année en année, des textes de Strindberg, Robert Pinget, Harald Mueller, Jakob Lenz...
En 1993, il est nommé artiste associé au théâtre que dirige Francis Auriac à Privas et partage ses activités entre un travail de création décentralisé, le “Théâtre de parole” qui verra notamment les créations de Une vie violente d’après Pier Paolo Pasolini, Conversation sur la montagne d’Eugène Durif, Paria de Strindberg, Le Naufragé du Titanic de Hans Magnus Enzensberger, Mon Isménie de Labiche.
Parallèlement, il crée notamment, Les Soldats de Jakob Lenz, Faust de Nikolaus Lenau, Affabulazione de Pier Paolo Pasolini, La Condition des soies d’Annie Zadek.
En 1997 à l’invitation de Roger Planchon, il crée au TNP de Villeurbanne Médée et Les Phéniciennes de Sénèque. En 1998, il décide de mettre un terme à sa résidence et signe la mise en scène de Les gens déraisonnables sont en voie de disparition de Peter Handke, qui marque la fin de l’aventure à Privas.
Christophe Perton poursuit alors un parcours artistique indépendant en fidélité avec quelques théâtres en France.
En 1999 il crée La Chair empoisonnée de Franz Xaver Kroetz avec le Théâtre de la Ville de Paris. En 2000 à l’invitation d’Alain Françon, il met en scène une pièce inédite d’Andreï Platonov, Quatorze Isbas rouges, au Théâtre national de la Colline.
Avec Simon Boccanegra de Verdi à l’Opéra de Nancy (1999) et Didon et Enée de Purcell à l’Opéra de Genève (2001), il aborde l’univers du théâtre lyrique.
En 2001, la création de Lear d’Edward Bond au Théâtre de la Ville à Paris et à la Comédie de Valence marque le début de son travail à Valence dont il est nommé directeur de la Comédie, devenue à cette occasion Centre dramatique national.
2002, dans le cadre de la Comédie itinérante, il réalise la mise en scène de Notes de cuisine de Rodrigo Garcia et de Monsieur Kolpert de David Gieselmann avec les acteurs de la nouvelle troupe permanente de la Comédie de Valence.
2003, toujours avec la troupe, Woyzeck de Georg Büchner, dans une coproduction du Théâtre des Célestins et Préparatifs d’immortalité de Peter Handke avec les élèves sortants de la 63e promotion de l’ENSATT à Lyon .
2004, Douleur au membre fantôme, commande d’une pièce matériau à Annie Zadek qui s’envisage comme une poursuite du Woyzeck de Büchner; Le Belvédère de Ödön von Horváth.
2005, L’Enfant froid de Marius von Mayenburg; un opéra inédit en France de Hans Werner Henze, Pollicino; Hilda de Marie NDiaye.
2006, Acte de Lars Norén.
2007, Hop là nous vivons! d’Ernst Toller qui reçoit le prix du Syndicat national de la critique du meilleur spectacle 2008 en région. L’opéra de Genève lui demande de mettre en scène une création originale du compositeur français Jacques Lenot à partir de l’oeuvre de Jean-Luc Lagarce, J’étais dans ma maison et J’attendais que la pluie vienne. L’Annonce faite à Marie de Paul Claudel pour le festival du théâtre antique d’Alba la Romaine.
2008, création inédite de Peter Handke, Jusqu’à ce que le jour vous sépare, en diptyque avec La Dernière bande de Samuel Beckett, reprise en février 2009 au Berliner Ensemble à Berlin.
2009, Roberto Zucco de Bernard-Marie Koltès en tournée nationale en 2010/2011. Dans le cadre du Festival Temps de paroles France- Algérie, création d’une pièce inédite commandée à Lancelot Hamelin, Le procès de Bill Clinton. Il écrit et réalise un premier long-métrage: The Man I love. En décembre, après neuf ans à la direction de la Comédie de Valence, il décide de mettre un terme à cette aventure pour refonder une nouvelle structure indépendante Scènes&Cités.
2010, La Folie d’Héraclès d’Euripide au Théâtre du Vieux-Colombier.