Alain Françon a créé la compagnie Le Théâtre Eclaté en 1971 à Annecy. De 1971 à 1989, il a monté entre autres Marivaux et Sade, Ibsen et Strindberg, O'Neill, Horváth et Brecht.
Il a créé de nombreux auteurs contemporains, de Michel Vinaver (Les Travaux et les jours, Les Voisins, Les Huissiers, King) à Enzo Cormann (Noises, Palais Mascotte) et Marie Redonnet (Tir et Lir, Mobie Diq). Il a également adapté pour la scène des textes d'Herculine Barbin (Mes souvenirs) et de William Faulkner (Je songe au vieux soleil...).

En 1989, Alain Françon prend la direction du Centre dramatique national de Lyon - Théâtre du Huitième. Il y monte notamment La Dame de chez Maxim, Hedda Gabler, Britannicus.

De 1992 à 1996, il est directeur du Centre dramatique national de Savoie (Annecy-Chambéry), où il met en scène La Compagnie des hommes d'Edward Bond (1992), La Remise de Roger Planchon (1993) et Pièces de guerre (1994) d'Edward Bond, Celle-là (1995) de Daniel Danis et La Mouette de Tchekhov (1995).

Pour le cinquantième Festival d’Avignon, Alain Françon présente dans la Cour d’Honneur Edouard II de Marlowe, qui a été repris au Théâtre National de l’Odéon.

Le 12 novembre 1996 il a été nommé Directeur du Théâtre National de la Colline. Alain Françon a quitté ses fonctions de directeur du Théâtre National de la Colline en janvier 2010. Il vient de créer une compagnie qui se nomme Théâtre des nuages de neige à Paris, il mettra en scène Les Trois soeurs de Tchekhov en mai à la Comédie Française.