Un garçon de quinze ans, Kafka Tamura, s'enfuit de sa maison de Tokyo pour échapper à une terrible prophétie prononcée par son père. Au hasard de son errance, il aboutit dans l'île de Shikoku, dans le sud du Japon. Il trouve refuge dans une bibliothèque où il se fait un ami qui l'abrite et le protège. Nakata, un vieil homme amnésique, mais qui sait parler aux chats et comprendre leur langage, décide lui aussi de prendre la route. Leurs parcours vont se rejoindre dans l'île au terme d'événements décisifs pour leur destin. Le titre fait référence à une chanson mélancolique, Kafka sur le rivage, qu’une jeune femme composa après avoir perdu l’amour de sa vie.