Samuel Sené suit tout d’abord des cours de piano au Conservatoire d’Orléans. En 1996, alors âgé de quatorze ans, il obtient son baccalauréat, ce qui fait de lui le plus jeune bachelier de France de sa promotion. Il obtient le premier prix de piano du Conservatoire d’Orléans, où il effectue son premier récital en 1998. Il intègre alors l’École Normale Supérieure de Cachan tout en assistant Yannick Mines- Noël à la mise en scène du festival musical et théâtral Valençay à quatre mains.
Tout en continuant ses études musicales et mathématiques, il crée différentes structures dans lesquelles il met en scène plusieurs spectacles musicaux : Le Loup et Pierre d’après Prokofiev (2000, 2001), Carmen de Bizet (2001), Orphée aux Enfers d’Offenbach (2002). En 2002, il obtient à 20 ans son agrégation de mathématiques. Dans le même temps, il met en scène Hamlet d’Ambroise Thomas, ainsi que Le dernier jour, théâtre musical d’après l’oeuvre de Victor Hugo.
Il est assistant du spectacle Olé! Carmen au Stade de France, puis de la comédie musicale Le Paris d’Aziz et Mamadou d’Alain Marcel à l’amphithéâtre Bastille en 2004. Il est aussi à la régie générale de l’opéra Les Contes d’Hoffmann d’Offenbach mis en scène par Jérôme Savary au Palais des Sports de Bercy. Il met en scène Paillasse de Ruggiero Leoncavallo avec l’association Lyric’ En Scène.
En 2005, il est assistant à la mise en scène de la comédie musicale Nonnesens au théâtre Déjazet, et met en scène Tosca de Puccini au Grand Dôme de Villebon puis La Belle Hélène d’Offenbach avec l’association La Croche Choeur. En 2006, il met en scène Orphée et Eurydice de Gluck et crée pour la fête de l’Europe le spectacle Contes sans frontière au théâtre des Célestins (Lyon), tout en dirigeant les concerts symphoniques de la convention Star Wars et du Festival Jules Verne au Grand Rex.
Il est directeur musical de la comédie musicale Fame (théâtre Comédie et tournée), puis conçoit et met en scène les Cérémonies des Marius 2008 (Vingtième Théâtre) et 2009 (Trianon).