Elle écrit son premier texte (Petite Pièce Médicament) en 1996, alors qu’elle suit sa formation de comédienne au Conservatoire de Montpellier. Cette pièce est créée l’année suivante, date à laquelle elle fonde la Cie Tire pas la Nappe. Depuis toutes ses pièces ont été créées (principalement par sa compagnie) et la plupart éditées : Les Aventures de Nathalie Nicole Nicole, créée au CDDB Théâtre de Lorient, jouée au Théâtre du Rond Point, au Teatro Eliseo dans le cadre du Festival Face à Face à Rome, Les Histrions (détail), créée au CDN de Montpellier, jouée au Théâtre national de la Colline dans le cadre du festival d’automne en 2006… Certains de ses textes sont traduits en allemand (Orgueil, poursuite et décapitation, Les Trublions), anglais et italien (Les Histrions (détail), Les Aventures de Nathalie Nicole) et catalan.
Son travail d’auteure se réalise le plus souvent dans le cadre de résidences d’écriture : à la Chartreuse de Villeneuve-lès-Avignon, au Festival des Théâtres francophones en Limousin, ainsi qu’au Théâtre de la Tête Noire à Saran (Orléans), à la Bibliothèque de Saint-Herblain (Nantes), et au Royal Court à Londres. Marion Aubert est membre du comité de lecture du Théâtre du Rond-Point, membre du Club des Auteurs initié par Rémi De Vos au CDDB de Lorient et membre fondatrice de la Coopérative d’Ecriture initiée par Fabrice Melquiot et associée à l’ENSATT et au Théâtre National de Bordeaux. Elle est artiste associée du CDR de Vire pour la saison 2009-2010.
En dehors de sa compagnie, elle répond aux commandes de différents théâtres ou metteurs en scène : Philippe Delaigue, Philippe Goudard, Guillaume Delaveau, Babette Masson, la comédie française, Pierre Guillois, CDR de Vire … Marion Aubert est également comédienne. Elle a joué dans de nombreuses pièces, dont plusieurs des siennes, mais on la retrouve aussi bien chez Musset que chez Copi ou Lagarce.