Krzysztof Warlikowski naît en 1962 à Szczecin (Pologne). Il suit des études d'histoire et de philosophie à l'Université de Jagellonia de Cracovie, et effectue une année d'études à Paris sur l'histoire du théâtre à l'École pratique des hautes études de la Sorbonne.

Il commence l'étude de la mise en scène en 1989 à l'Académie du Théâtre de Cracovie et y signe ses premiers spectacles, Nuits blanches de Dostoïevski et L'Aveuglement d'Elias Canetti en 1992.
Il travaille ensuite avec de grands noms de la scène européenne : en 1992-93, il est l'assistant de Peter Brook sur le spectacle Impressions de Pelleas présenté aux Bouffes du Nord à Paris, et dans le cadre d'un atelier organisé par les Wiener Festwochen (Autriche). Il est aussi l'assistant de Krystian Lupa pour sa mise en scène de Malte de R. M. Rilke au Stary Teatr de Cracovie en 1992. Giorgio Strehler supervise son travail de jeune metteur en scène pour l'adaptation et la mise en scène d'A la recherche du temps perdu de Marcel Proust au Piccolo Teatro de Milan, en 1994.
Il met en scène de nombreux textes de Shakespeare : le Marchand de Venise (1994), le Conte d'hiver (1997), Périclès (1998) Hamlet (1997 puis 1999), la Mégère apprivoisée (1998), la Nuit des rois (1999), la Tempète (2000). Il travaille aussi sur Sophocle - Electre (1996) et Euripide - Les Phéniciennes (1998), Les Bacchantes (2001). Il met également en scène des textes contemporains : F.Kafka (Le Procès en 1995), B.M. Koltès (Roberto Zucco en 1995 et Quai Ouest en 1998), M. Visniec ou W. Gombrowicz.

Il aborde l'univers de Sarah Kane avec une mise en scène de Purifiés en décembre 2001, premier spectacle en Pologne à faire l'objet d'une coproduction entre trois théâtres, le Teatr Wspolczesny de Wroclaw, le Teatr Rozmaitosci de Varsovie et le Teatr Nowy de Poznan.

Il met aussi en scène des opéras : le Programme musical de Roxanna Panufnik, Don Carlos de G. Verdi (2000), l'Ignorant et le fou du livret de Pawel Mykietyn d'après l'œuvre de Thomas Bernhard (2001).

Krzysztof Warlikowski a travaillé dans de nombreuses villes polonaises (Cracovie, Poznan, Torun, Varsovie, Radom, Wroclaw…) et dans toute l'Europe, en France aux Bouffes du Nord, en Italie au Piccolo Teatro, en Allemagne au Kammerspiele de Hambourg et au Staatstheater de Stuttgart, en Croatie à Zagreb, et également en Israël.

Il a présenté Hamlet au Holland Festival en juin 2001 et au Festival d'Avignon en juillet 2001, et les Bacchantes dans le cadre du festival Europalia à De Singel (Belgique) la même année ; en Allemagne il a créé A la recherche du temps perdu de Proust au Schauspiel de Bonn et au Festival Theater der Welt en 2002.

En 2003, il crée Le Songe d’une nuit d’été avec des comédiens français au Centre dramatique national de Nice et Le Dibbouk au Festival Dialog de Wroclaw.

Depuis, il a monté Speaking in Tongues d’Andrew Bovell à Amsterdam, et Macbeth de Shakespeare à la Schauspiel d’Hannovre.

Il a reçu de nombreux prix dont celui de la meilleure pièce étrangère du Syndicat de la critique théâtrale pour Purifiés en 2002, le prix polonais de la meilleure mise en scène de Shakespeare pour La Tempête en 2003, le prix de la meilleure mise en scène décernée par la chaîne culturelle de la télévision polonaise et le prix Meyerhold du meilleur metteur en scène européen pour Kroum en 2006.

Krzysztof Warlikowski est officier des arts et des lettres.