En 1998, Hervé Guilloteau débute la mise en scène avec la création de L’héritage de Bernard-Marie Koltès puis de Peepshow dans les Alpes de Markus Köbeli en 2000. En 2001, il rencontre Daniel Keene qui lui confie ses pièces courtes ; trois d’entre elles composeront le spectacle Ni perdus ni retrouvés créé en 2002. Cette même année, il découvre Les Frères Robert de Arne Sierens ; c’est finalement comme acteur qu’il participera à la création française de la pièce sous la direction de Johan Dehollander. A partir de cette date, il est aussi régulièrement distribué dans les créations d’Yvon Lapous, directeur du Théâtre du Loup (Buffet froid de Bertrand Blier en 2007, Le retour de Harold Pinter en 2008). De 2003 à 2006, il s’associe à Rémi de Vos, avec qui il réalise trois spectacles : Code bar, Ma petite jeune fille et Occident. En 2007, il se joint à Jackie Berroyer et Sylvain Chantal pour l’écriture de La loi des pauvres gens ; il dirige la création présentée en janvier 2008. En août 2008, il présente Monologue sans titre de Daniel Keene dans sa version anglaise au festival Some French Friends à Tucson/Arizona. En 2009, Yasmin Rahmani propose à Hervé Guilloteau de concevoir ensemble un spectacle à caractère autobiographique baptisé My Way.
Artiste associé au TU-Nantes, Hervé Guilloteau a initié en septembre 2009 un travail de recherche et d’expérimentation théâtrales baptisé Grosse Labo qui a abouti au spectacle La victoire en mars 2010.
L’expérience Grosse Labo se poursuit en 2010/11. Il a récemment travaillé avec Nadia Xerri-L, auteur et metteur en scène de L’instinct de l’instant (création février 2011).