La Compagnie Théâtre des Millefontaines est née en 1989 du désir d'un groupe d'élèves du lycée Rodin (Paris 13), réunis par Emmanuel Demarcy-Mota.
De 1989 à 1993, au lycée Rodin, puis à l'université René Descartes, où Emmanuel Demarcy étudie la philosophie, ce premier cercle présentera des travaux sur Ionesco (Rhinocéros), Pirandello (L'Imbécile et Six Personnages en quête d'auteur), Wedekind (L'Éveil du printemps), Erdman (Le Suicidé).

En 1994, suite à une rencontre avec François Regnault et Brigitte Jaques, Emmanuel Demarcy-Mota et son équipe créent au Théâtre de la Commune l'Histoire du soldat, d'après Charles-Ferdinand Ramuz (et sans la musique de Stravinsky). Ce spectacle tournera pendant deux ans, avant d'être repris en 1995 au Théâtre de la Commune. 1996 verra la création de Léonce et Léna de Georg Büchner, dans une nouvelle traduction de François Regnault et Emmanuel Demarcy-Mota (publiée à l'Avant-Scène Théâtre n°993). Créé au Théâtre de la Commune, ce spectacle tournera pendant deux années, avant d'être repris à nouveau en 1997 au Théâtre de la Commune.

Déjà, l'équipe s'est élargie puisque, outre la collaboration avec François Regnault, plusieurs acteurs la rejoignent à l'occasion de ce spectacle.
En 1997, la compagnie collabore également avec le Forum culturel du Blanc-Mesnil où elle présente plusieurs lectures et mises en espaces d'auteurs contemporains (Copi, Elsa Solal), ainsi qu'une reprise de l'Histoire du soldat.
Parallèlement à sa démarche artistique et depuis sa création, la compagnie s'est fortement impliquée dans une démarche de sensibilisation du public. À ce titre, elle animera régulièrement divers stages et ateliers au sein du CDN d'Aubervilliers et du Forum culturel du Blanc-Mesnil (ateliers avec les amateurs de la ville, les collèges, les lycées techniques, l'hôpital psychiatrique).

En 1998, Peine d'amour perdue de Shakespeare, retraduit pour l'occasion par François Regnault, a été créé au Théâtre de la Commune. Avec ce spectacle, regroupant dix-huit comédiens, la compagnie s'enrichit de la rencontre avec un scénographe, Yves Collet, un jeune compositeur, Jefferson Lembeye, une costumière, Valérie Simonneau, et plusieurs acteurs d'horizons différents, - notamment du J.T.N., qui rejoignent l'équipe déjà constituée.

En 1999, au terme de sa tournée, Peine d'amour perdue a été repris à Paris au Théâtre de la Ville tout le mois de décembre 1999.

Emmanuel Demarcy-Mota a reçu le Prix de la révélation théâtrale de l'année 1999 par le Syndicat national de la Critique dramatique et musicale pour sa mise en scène de Peine d'amour perdue.
Suite à ce spectacle, Emmanuel Demarcy-Mota crée avec la même équipe Un conte d'amour, version jeune public de Peine d'amour perdue dont il signe l'adaptation avec François Regnault. Fidèle à la langue et à l'esthétique de la version intégrale, ce spectacle est né de la volonté de faire entendre et découvrir Shakespeare à de jeunes spectateurs et de proposer à ce public une esthétique qui ne soit pas calibrée à leur intention, « du théâtre tout court, que les enfants pourront voir ».
Un conte d'amour sera présenté aux Rencontres internationales de théâtre de Dijon, puis au TJS, CDN de Montreuil, au Théâtre de la Commune, et au Forum culturel de Blanc Mesnil.

La création Marat-Sade de Peter Weiss a lieu en octobre 2000 au Théâtre de la Commune, avant d'être présentée au Forum culturel de Blanc-Mesnil et de partir en tournée sur toute la saison 2000-01.
D'avril à mai 2001, Peine d'amour perdue de Shakespeare à été repris : CDN de Montpellier, Scène nationale de Saint-Brieuc, Théâtre de Sartrouville, Scène nationale de Douai, Scène nationale de Dunkerque.
En octobre 2001, il met en scène Six personnages en quête d'auteur de Pirandello, dans une nouvelle traduction de François Regnault au Théâtre de la Ville à Paris.

En janvier 2002, Emmanuel Demarcy-Mota a pris la direction du Centre dramatique national de Reims.

Septembre 2002 a vu les créations de L'inattendu et Le Diable en partage, deux textes de Fabrice Melquiot, auteur associé à la Comédie de Reims, mis en scène par Emmanuel Demarcy-Mota et créé au Théâtre de la Bastille et au CDN de Reims.

Janvier 2003, reprise de Six personnages en quête d'auteur au Théâtre de la Ville, puis en tournée en France et en Europe.

Février 2004, il crée Ma Vie de chandelle de François Melquiot à la Comédie de Reims.

Septembre 2004, il crée Rhinocéros d'Eugène Ionesco, reprise au Théâtre de la Ville en janvier 2006.