Après avoir étudié et enseigné la linguistique et la philosophie, Emmanuel Bourdieu débute au cinéma comme scénariste, avec, en particulier, Comment je me suis disputé et Esther Kahn d'Arnaud Desplechin. En 2001, il est récompensé par le prix Jean Vigo, pour Candidature . En 2004, il signe son premier long métrage, Vert Paradis. Son deuxième long métrage, Les Amitiés maléfiques, reçoit le grand prix de la Semaine de la critique, au Festival de Cannes 2006.

Parallèlement à sa carrière cinématographique, il écrit pour le théâtre : en 2000, Tout mon possible, mis en scène par Denis Podalydès, à la Maison de la Culture de Bourges, puis au Théâtre d'Aubervilliers, en 2002, Je crois ?, mise en scène par Denis Podalydès, à la Maison de la Culture de Bourges, puis au Théâtre de la Bastille. Ces deux pièces sont publiées aux Éditions des Solitaires Intempestifs.