Né en 1951 à Erlenbach, Christoph Marthaler, musicien de formation, intègre un orchestre comme hautboïste. Il suit également l’enseignement de Jacques Lecoq à Paris. Ses premiers contacts avec le monde du théâtre se font par la musique : dix ans durant, Marthaler compose des musiques pour des metteurs en scène, à Hambourg, Munich, Zurich et Bonn. En 1980, il réalise avec des comédiens et des musiciens son premier projet, Indeed, à Zurich. En 1989, il crée une Soirée de chansons à soldats : oeuvre indéfinissable, entre performance, musique et théâtre. Des soldats suisses assis, quasiment immobiles, entonnent en boucle, au bout d’un quart d'heure Die nacht ist ohne ende (La nuit est sans fin). La même année, il rencontre la scénographe et costumière Anna Viebrock qui signera à partir de là pratiquement tous les décors et costumes de ses spectacles. Suivent les mises en scène de L'Affaire de la Rue de Lourcine de Labiche (1991), Faust, une tragédie subjective, d'après le Fragment-Faust de Fernando Pessoa (1992) et Prohelvetia (1992). En 1992, Marthaler monte une soirée patriotique, Murx den Eurapäer ! Murx ihn ! Murx ihn ! Murx ihn ! Murx inn ab ! (Bousille l'Européen...!) à la Volksbühne de Berlin et Le Faust racine carré 1+2, une adaptation du texte de Goethe, à Hambourg. De 1994 à 2000, il crée entre autres au théâtre et à l'opéra : La Tempête devant Shakespeare - le petit Rien (1994), Pelléas et Mélisande de Debussy et L'Heure zéro ou l'art de servir (1995), Luisa Miller de Verdi, Pierrot Lunaire de Schönberg et Casimir et Caroline de Horváth (1996), Fidelio de Beethoven et Les Trois soeurs de Tchékhov (1997), La Vie Parisienne d'Offenbach et Katia Kabanova de Jánacek (1998), Les Spécialistes et Hôtel Belle Vue de Horváth (1999), 20th Century Blues et L'Adieu de Rainald Goetz (2000).

En 2000, Marthaler prend la direction du Schauspielhaus de Zurich avec la dramaturge Stefanie Carp et y met en scène notamment La Nuit des rois de Shakespeare, La Belle Meunière de Schubert, Aux Alpes de Jelinek, La Mort de Danton de Büchner et les projets Hôtel Peur et Groudings, une variante d'espoir. II quitte la direction du Schauspielhaus de Zurich en 2004 et travaille depuis à nouveau comme metteur en scène indépendant.

En 2006, il crée Winch Only au KunstenFestivaldesArts de Bruxelles. En 2007, Christoph Marthaler réactualise Les Légendes de la forêt viennoise de Ödön von Horváth en collaboration avec la décoratrice Anne Viebrock, qu’il présente au Festival d’Automne à Paris. En 2007, il crée à Zurich Platz Mangel. Puis, en 2009 au Wiener Festwochen, toujours avec Anna Viebrock, Reisenbutzbach. Eine Dauerkolonie qui a été présenté au Festival d’Avignon en juillet 2009. En 2010, il est artiste associé de la 64ème édition du Festival d’Avignon : il choisit –avec Anna Viebrock- la Cour d’Honneur du Palais des Papes pour y créer, en juillet 2010, le spectacle Papperlapapp.