Formé à l’Université Internationale du Théâtre, puis à l’Ecole Jacques Lecoq, Alain Mollot fonde le Théâtre de la Jacquerie en 1974 avec un groupe de comédiens rencontrés dans cette école. Le théâtre de la compagnie sera résolument charnel, populaire, comique.

Pendant dix ans, la Jacquerie est une troupe permanente qui sillonne la France sans véritable port d’attache. Les comédiens improvisent et des auteurs mettent cette matière en forme. C'est ainsi que l'écrivain Jean-Pierre Chabrol rencontre et accompagne la compagnie sur plusieurs créations, notamment Tit bonhomme l’est pas très mort en 1978 et Lumpen en 1980 qui auront un grand écho. La compagnie monte, à cette période, une petite forme théâtrale : Histoire du Théâtre Populaire qui tournera de nombreuses années dans toutes sortes de salles. Elle s’attachera toujours à rencontrer le public au plus près, notamment par le moyen de ses  « petites formes ».

En 1985, la Jacquerie s’implante dans le Val-de-Marne, à Villejuif. Les comédiens changent, le metteur en scène devient le seul pivot de la compagnie qui aborde le répertoire à travers Molière, L’Ecole des femmes, Goldoni, Le Café, Romain Rolland, Robespierre, Hugo, Un œil profond dans l’ombre, Brecht , Maître Puntila et son valet Matti. Alain Mollot écrit son premier texte, Sur le sable, qu’il monte en 1993.

En 1992, il travaille avec une nouvelle génération de comédiens dont il a été le professeur à l’école Jacques Lecoq, retrouvant ainsi l’improvisation comme base de création. De ce groupe vont naître les spectacles Croquis Marrants d’une vie redoutée et Cabaret Monstre.

Alain Mollot rencontre des metteurs en scène d’Europe de l’Est avec qui il partage de nombreuses expériences. Après avoir utilisé la dérision pour dénoncer les méfaits de la société, il ressent à partir de ce moment-là, le besoin de s’attaquer aux “grands sentiments”. Il commence par monter un mélodrame, Liliom, de Molnar et, à partir de 1999, avec une fidèle équipe de comédiens, construit le projet de « L’Epopée Quotidienne » en recueillant la parole des gens sur le thème du lien familial, qui aboutira sur le spectacle Roman de familles.

Fort de ce succès, il est persuadé que c’est au cœur du plus intime qu’il faut se questionner. En 2003 il poursuit son exploration du quotidien pour aborder cette fois le thème du travail. Cela débouchera sur La Fourmilière qui intègre des comédiens venant d’autres horizons que l’école Lecoq. Parallèlement, il revient au texte en mettant en scène Le Manteau avec des comédiens rencontrés à l’Ecole nationale supérieure des arts de la marionnette où il a enseigné.

En 2009, il monte La fin d’une liaison de Graham Greene en collaboration avec Jean-Pierre Lescot sur la mise en images.

Il crée Res Publica, en 2011 à partir d’entretiens sur le thème de la nation, achevant ainsi la trilogie entamée avec Roman de familles et La Fourmilière.

En 2013 Alain Mollot met en scène pour la première fois un texte contemporain La ville d’Evgueni Grichkovets.

Ces dernières années, son travail rend compte d’un va-et-vient constant entre les spectacles créés à partir de témoignages et la mise en scène de grandes fables modernes. La fiction nourrit le réel et le réel la fiction. Les langages théâtraux s’entremêlent librement : jeux réalistes, masques, marionnettes, chansons.

De septembre 2001 au juin 2010 Alain Mollot il a été à la direction du Théâtre Romain Rolland où il a cherché à promouvoir un « théâtre du geste et de l'image ».