Après une période (notamment au Théâtre de l’Est Parisien) où il met en scène Goldoni, Marivaux, Sélim Nassib, Bertolt Brecht, Odon Von Orvath, Arthur Schnitzler ou encore J.D. Salinger et Maurice Blanchot, Alain Béhar se consacre, à partir de 1998, à la mise en scène de ses propres textes.

En 1996, Didier-Georges Gabily devient son "parrain d’écriture" en l’invitant à une "résidence de compagnonnage" initiée par le CNES, Chartreuse de Villeneuve-lez-Avignon. Il y écrit Comment ouvrir le volet pour voir le tableau en entier. Ce titre est révélateur de la démarche d’Alain Béhar : ses recherches, tant textuelles que scéniques s’inscrivent à la croisée de plusieurs disciplines : théâtre, arts plastiques (performances, installations, expositions), chorégraphie, etc. Il s’agit toujours de proposer des contrepoints pour faire émerger une forme ouverte qui trace des perspectives et offre des trouées, le sens circule sans jamais se figer dans un discours clos :
"Ce qu’il m’intéresse d’exposer, ce n’est pas que l’écrit parle – c’est peut-être pour cela qu’il y a, j’espère, cette sensation d’être dans l’atelier – ce que j’aimerais rendre lisible, c’est le mouvement qui fait aller de l’écrit à la parole. (...) Le travail scénique, la présence des acteurs font que ça picore à l’intérieur. Ça essaie de piquer l’écriture : comme s’il était possible de sortir de la figure pour faire jaillir de brefs moments d’identification. Dans le théâtre qui est le mien, la figuration serait un moment préliminaire et la figure, le personnage deviendrait un motif : on joue à faire poindre de la figure. J’écris uniquement de l’écriture comme quantité de peintre disent : je ne peins pas des paysages, je ne fais ni de la peinture abstraite ni de la peinture conceptuelle, je peins de la peinture."

En 1998, Alain Béhar revient à la Chartreuse où il prend en charge la rédaction du Cahier de Prospéro n°9. Il y finalise également le projet débuté en 1996. Le texte se décline alors sous la forme d’un spectacle en plusieurs volets : Monochrome 1234, Monochrome 567, Monochrome 8 à 15.
En 1999, boursier du CNL, Alain Béhar part en résidence trois mois à Montréal où il écrit Bord et bout(s).
En 2001, il obtient une bourse de la Villa Médicis hors les murs et part dans les Balkans afin d’y écrire Tangente. Parallèlement, il répond à des commandes d’écriture : d’Yves Gourmelon et Le Chai du Terral ( La Pierre fendue, 1997), de Gare au théâtre et Denis Lanoy ( Grand travers, 1998), d’Yves Reynaud et Yves Gourmelon ( Et(é), Manifeste potentiel du mouvement, 1998), de la chorégraphe Muriel Piqué ( Solillogues, 2001) ou encore de la Compagnie Eclats d’Etats ( Je vais, 2000).

Avec sa compagnie Quasi, il crée quatre pièces depuis 2003 : Sérénité des impasses* 26 sorties du sens atteint en 2003-2004 ; Des Fins (épilogues de Molière), une variation avec les 33 fins des 33 pièces de Molière, en 2005-2006 ; Manège en 2007-2008 ; Mô en 2009-2011.

Ses spectacles sont présentés au Théâtre des Bernardines à Marseille, au Théâtre de la Cité internationale à Paris, au Festival d’Avignon, au Théâtre Garonne à Toulouse, au TNB à Rennes, au Quartz de Brest, aux Subsistances à Lyon, au Centre chorégraphique national de Rillieux-la-Pape, à L’Échangeur à Bagnolet, à la Scène Nationale de Dieppe, au Théâtre de l’Université Paul Valéry à Montpellier… Il intervient par ailleurs régulièrement dans des contextes de formation, dans des écoles et à l’université.